La storico gelese Salvatore Damaggio Navarra colloca la fondazione della chiesa intorno al 1500, poiché una lapide, una volta posta vicino all'ingresso principale, indicava il nome del fondatore e la data della sua morte avvenuta nel 1515. Il fondatore si chiamava De Lanzana.

La chiesa e il convento sono stati ricostruiti nel 1700 utilizzando come materiale i resti delle mura e case elleniche che erano ubicate nella zona di capo soprano.

Nel 1866 il convento venne confiscato dallo stato italiano per convertirlo a caserma dei carabinieri. Nel 1952 venne completamente abbattuto per ricostruire la nuova caserma e la canonica della chiesa. La caserma nel 2007 è stata abbandonata poiché i carabinieri hanno preso possesso dei nuovi locali siti nella via Venezia, mentre la canonica esiste ancora.

Il parroco della chiesa del Carmine, padre Bentivegna, visto che i carabinieri hanno abbandonato per sempre la dimora confiscata, ha ufficialmente chiesto allo stato italiano la restituzione del sito.

La chiesa è ad una unica navata, con 5 finestre per lato che danno una buona illuminazione all'interno di essa, confinante con la via Cairoli a nord, con Piazza Roma ad ovest e con l'ex caserma dei carabinieri a sud.

La chiesa è stata ristrutturata e abbellita varie volte sempre da imprese e artisti locali.

L'ultima ristrutturazione, per decisione di padre Bentivegna è iniziata nel 2005 ed è stata completata alla fine del 2007.